Hagyományosan, a mennydörgés a Bhután számos hegyében és völgyében a sárkányok hangja, és az ország anyanyelvén a „mennydörgés sárkánya” néven ismert. A zászló sárkányának kialakítását azonban befolyásolhatták a szomszédos kínai évszázadok óta használt hasonló minták. Körmében a zászló sárkány ékszereket fog megragadni, a nemzeti vagyon és a tökéletesség érdekében állva. A sárkány, amely eredetileg zöld volt, ma már fehér, a tisztaságot és az ország különböző etnikai csoportjainak hűségét szimbolizálja. A sárga-narancssárga szín, amelyet a bhutáni kormány hivatalosan sárganek nevez, a király hatalmának szimbolizálja, mint a világi kormány vezetője, míg a narancssárga-vörös a Bka'-brgyud-pa (Kagyupa) és Rnying-ma-pa (Nyingmapa) buddhista szekták és a nemzet vallásos elkötelezettségével.
A zászló pontos bevezetésének dátuma ismeretlen, de valószínűleg 1971-ben történt, amikor Bhután csatlakozott az Egyesült Nemzetek Szervezetéhez. Az 1960-as évekig Bhután nagyrészt bezárt volt a külvilág felé; külkapcsolatai az Egyesült Királyságon (1910–49) és Indián (1949-től az 1960-as évekig) folytak. Bhután elszigeteltsége és a tengerpart hiánya szigorúan korlátozta azokat a körülményeket, amelyek között nemzeti zászló szükséges.
