Mielőtt Koszovó 2008. február 17-én kijelentette a függetlenséget, soha nem volt olyan politikai státus, amely megengedte számára saját zászlóját. A második világháborút követően Koszovót beépítették a szocialista Jugoszláviába, mint a Szerb köztársaság autonóm régióját (később autonóm tartományt). A szövetségi kormány csak a jugoszláv választójogú köztársaságok számára engedélyezte a zászlókat. A Koszovóban élő etnikai albánoknak azonban végül megengedték, hogy az albán zászlót repüljék.
Az 1990-es évek elején a szocialista Jugoszlávia felbomlása után Koszovó továbbra is Szerbia része volt, ám a tartomány szeparatista mozgalma az évtized során erősödött. 1998-ban Szerbia büntetőjogi intézkedéseket vállalt a szeparatisták ellen Koszovóban, amelyet 1999-ben az Észak-atlanti Szerződés Szervezete (NATO) ellensúlyozott. Koszovót az Egyesült Nemzetek Szervezetének alá helyezték, amely ott maradt Koszovó függetlenségének 2008. évi kihirdetését követően, egészen addig, amíg 2009-ben az Európai Unió (EU) tisztviselői nagyrészt felváltották őket. Szerbia és számos más ország továbbra is ellenzi ezt a függetlenségi nyilatkozatot.
Hivatalos versenyre került sor Koszovó nemzeti zászlójának kiválasztására. A pályaművek nagy része közvetlenül vagy közvetve az albán zászló rajzolatán alapult. A választott mintázat - az EU zászlójának hatására - egyértelmű nyilatkozatot tett, hangsúlyozva Koszovót mint többnemzetiségű országot. Az uniós zászló kék és sárga színét használták a nemzeti zászló háttér- és sziluettjeként, az EU zászló fehér csillagok körét pedig a koszovói zászló fehér csillagok íve párhuzamosította. A csillagok állítólag az ország hat domináns etnikai csoportjába tartoznak (albánok, bosnyák, gorani, romák, szerbek és török). A koszovói albán és szerb etnikai lakosok azonban továbbra is felhasználták nemzeti zászlóikat.
