Kétféle forrásból származhat a szlovén nemzeti zászló fehér-kék-piros színe. Szlovénia nemzeti etnikai zászlójára elfogadta az orosz zászló egy példányát, hogy szolidaritást mutasson a szláv népekkel a Napóleoni Háború idején. Még korábban azonban a Szent Római császár címert adományozott a Carniola korona földjének, amely akkoriban a birodalom része volt. Ennek a címernek egy fehér pajzs volt, rajta kék sas, vörös-fehér kockás félhold a mellén. Egy másik fontos címer a szlovén történelemben Celje megye által használt címer - egy kék pajzs, három sárga csillaggal. Végül, a 20. század kommunista rezsime alatt Szlovénia címerén kék és fehér hullámos vízszintes vonalak voltak, amelyek az ország Adriai-tenger partjára utaltak, valamint egy stilizált három csúcsú hegy - Szlovénia legmagasabb, a híres Triglav.
Szlovénia 1991. június 25-én hirdette meg függetlenségét, de szuverenitása megalapozása érdekében küzdenie kellett a jugoszláv hadsereggel. A függetlenség napján emelt zászló a hagyományos fehér-kék-piros pánszláv háromszínű volt. Az Oroszország és Szlovákia hasonló zászlóitól való megkülönböztetés érdekében az emelő felső sarokába Szlovénia új címerét adták, amely átfedi a fehér és a kék csíkokat. A pajzs a kommunista fegyverek Triglav és hullámos csíkjainak és a Celje pajzsának kék alapon lévő sárga csillagok kombinációját ábrázolja.
