Annak ellenére, hogy a 19. században Kolumbiának része volt szecessziós mozgalmak Panamában, nem volt elismert panamai zászló. 1903-ban, amikor Kolumbia szenátusa elutasította az Egyesült Államokkal kötött, a panamai csatorna építését célzó szerződést, az amerikaiak segítették a panamai függetlenségi mozgalmat, és megalakult a Panamai Köztársaság.
Kezdetben olyan zászlótervet javasoltak, amely a kolumbiai zászló színeit használja. A vízszintes vörös és sárga vízszintes csíkokból állt, és egy kék kanton tartalmaz két összekapcsolt sárga napot, és a bolygó két felének a jövőbeli Panama-csatornán való összekapcsolását jelképezi. A végül kiválasztott zászlótervezés hivatalos lett 1904. július 4-én; negyedévente osztották két csillaggal. A hozzátartozó szimbolizmus a két fő politikai párt váltakozása volt a kormányban (eredetileg a liberálisok számára a piros, a konzervatívok számára a kék és a közöttük lévő béke fehérek voltak), bár a színek és a csillagok egyértelműen utaltak a nemzeti zászló hatására. Az Egyesült Államok. A panamai zászlót Manuel E. Amador, az új köztársaság első elnökének fia tervezte.
