Florida első zászlóját 1845. június 25-én emelték első kormányzójának, William D. Moseley-nek a megnyitóján. Öt vízszintes csíkkal (kék, narancs, piros, fehér és zöld) és egy szalaggal volt ellátva, amelyen felirat szerepel. Az amerikai zászló kantonként szolgált. Az államok jogai és az antifederalista szimbolizmus a formatervezésben világos, de a színek társulása ismeretlen; mindenesetre úgy tűnik, hogy a zászlót nem használták széles körben. A következő állami zászlót 1861. január 13-án hozták létre Florida flotta leválasztása után. Az állami fegyveres erők parancsnoka által előírt terv sok szempontból hasonló volt a Csillagokhoz és a Csíkokhoz; 13 vörös és fehér vízszintes csíkból és egy kék kantonban lévő fehér csillagból állt. A következő, 1861. szeptember 13-i lobogó a Konföderáció Csillagok és Rúdjain alapult; vörös-fehér-piros vízszintes csíkokkal és függőleges kék csíkkal, bonyolult pecséttel volt ellátva.
A polgárháború után Florida volt az első déli állam, amely saját zászlót fogadott el. 1868 augusztus 6-án az állami pecsét kijelölésre került egy fehér zászló közepén; a terv egy amerikai indián nőt mutatott egy vízszintes hegyoldalon, ahol gőzhajó vitorlázott. A zenekar állami névvel és az „Istenben bízunk” mottóval készítette el a tervezést. 1900. november 6-án piros zászlót adtak a zászló hátteréhez, hogy ez ne hasonlítson az átadás szimbólumára. Ez a forma alapulhatott a Konföderáció csata zászlójában. 1985. május 21-én a pecsét művészi felülvizsgálatára került sor, amelynek eredményeként a zászló jelenlegi rajza lett.
