A 19. század végén az európai hatalmak kiterjesztették az irányítást a szárazföldön azokon a part menti területeken, amelyeket korábban Afrika Közép-Afrikában elfogtak. II. Belga Leopold király ellenőrzése alatt létrehozták az Internationale Africaine Egyesületet, amely 1885-ben kikiáltotta a Kongói független államot (vagy a Kongói Szabad Államot). A lobogója 1877-ből kék volt, arany csillaggal jelképezve egy ragyogó fény a „Sötét kontinensen”. Az Egyesült Államok volt az első, aki elismerte az államot és zászlóját. 1960. június 30-án utódállamának (a belga Kongónak) független országgá vált, és a zászló emelője mentén hat sárga csillagot adtak hozzá, hogy képviseljék a hat tartományt. Amikor a megyék száma 1963-ban megváltozott, az első zászlót helyettesítette egy sárga szegélyű piros átlós csíkkal, és az emelő felső sarkában egy nagyobb sárga csillag (a zászlót 1966-ban kissé módosították).
1971-ben Mobutu Sese Seko elnök megváltoztatta az ország nevét a Zaire Köztársaságnak, és létrehozott egy új nemzeti zászlót - egy zöld mezőt, amelyen sárga kar, karral és fáklyával volt ellátva. Mobutu rezsimjét 1997-ben megdöntötték egy forradalmi koalíció, Laurent Kabila vezetésével, aki a független Kongó első miniszterelnöke, Patrice Lumumba csodálója volt. Kabila 1997. május 17-től elrendelte, hogy Lumumba zászlaja helyettesítse Zaire zászlóját. Az újonnan helyreállított formatervezési szimbólum már nem felel meg a közigazgatási realitásoknak, mivel hat csillaggal volt ellátva, és az ország nyolc tartományban volt. Ennek ellenére emlékeztette a kongói államaikat eredeti reményeik és alapelveik visszaállítására az 1960-as függetlenség ideje óta.
Kabila fia, József apja 2001-ben történt meggyilkolása után lett elnök. Miután a fiatalabb Kabila az ország stabilitásának mértékét hozta, 2006. február 18-án kikiáltotta az ország „Harmadik Köztársaságot”. Az ismét az 1963–66-os nemzeti zászló. hivatalos lett, bár a mező világosabb kék volt.
