Az 1980-as és a 90-es években a Sixtus-kápolna hosszú és kifinomult restaurációs programon ment keresztül, amelyet egy japán televíziós társaság szponzorált és a legjobb olasz és nemzetközi szakértők hajtottak végre. A takarítás a freskókból évszázados szennyeződést, port és gyertyafüstöt távolított el, és váratlanul ragyogó színeket tárt fel, amelyek részben ellentmondtak Michelangelo remekművének ünnepelt szobrászati tulajdonságainak. Heves viták - számos restaurátor, művészettörténész és a kapcsolódó területek szakértőinek részvételével - körülvették a projektet a kezdetektől. A vita egy fő kérdés középpontjában állt: vajon Michelangelo a mai freskófestőkkel módosította-e a kész freskót secco (száraz) festékkel, miután a vakolat megszáradt? (A freskók általában ezt tették a hibák kijavításának, a munkájuk finomításának és a pigmenteknek az alkalmazásával, amelyek nem képesek elviselni a vízzel való érintkezést.) És ha igen, vajon a restaurátorok minden réteg eltávolítását a freskott vakolatba hamisították-e a művész szándékaival ? A visszaállítók által eltávolított árnyékolás, javítások és ragasztók ebben az esetben a korábbi helyreállítási kampányok eredményei. Miközben a Sixtus-kápolna helyreállítási vitáját még mindig néha megvitatják, a művészeti konzervatívok már nem gondolják, hogy ez kérdés.
