A Trent Tanácsa.
1536 májusában Pál pápa közzétette a mantuában megrendezendő tanácsának felhívását. Azt is felhatalmazta egy kiválasztott bíboroscsoportot, hogy készítsen jelentést az egyházon belüli visszaélésekről. Ez a csoport Gasparo Contarini bíboros vezetésével elutasította a rosszul felkészült papok ordinációját, az inkompetens püspökök kiválasztását, a jótékonysági halmozódást, a vallási rend dekadenciáját, a prédikálást és a lélek gondozását. A jelentés azonban protestáns kezekbe került, Luther pedig a római egyház és a pápaság elleni erőszakos támadás során felhasználta. Ennek ellenére a pápa folytatta azon tervét, hogy 1537. május 23-án Mantuában megnyíló tanácsot tartson. Végtelen türelmével Pál arra törekedett, hogy legyőzze a császár, a királyok, prelátok és hercegek ellenzékét, kilenc év alatt újra és újra elkényszerítve és elhalasztva a tanács megnyitását, ám végül sikerült az ő megbízatása, a Giovanni del bíboros bíboros felavatása. Monte, Trentben, 1545. december 13-án.
A protestánsok ragaszkodásának tiszteletben tartásával a császár ragaszkodott ahhoz, hogy a tanács elsősorban a fegyelemmel és a reformokkal foglalkozzon. Ennek ellenére a pápa döntése, miszerint a doktrinális ügyek elsőbbséget élveznek, korai ülésszakaiban a Trent-tanács rendeleteket hirdetett a Szentírás kánonjáról, az eredeti bűnről, az igazolásról és a szentségekről, valamint a reformról. A pestis félelme és a fegyveres protestáns erők támadása miatt a pápa elfogadta a Tanács 1548 februárjában Bolognába történő áthelyezését. De a császár megtiltotta a spanyol és a német prelátáknak, hogy Bolognába menjenek, és a pápanak fel kellett függesztenie a Tanácsot. 1549. szeptember 17-én. Ennek ellenére a Trent-tanács első szakaszában jelentős előrelépés történt, ami az egyház tanításának és fegyelemének alapos reformjához vezetett.
Pontifikációja során Pál pápa gyakran látogatott baleseteket a pápai államokban és azon túl. Civitavecchia-ban volt 1535-ben és 1537-ben; 1538-ban Nizzába utazott Luccán és Piacenzában; Perugia-ban jelent meg, hogy megnyugtassa a várost, miután erõi 1540-ben megtörték a Colonna család hatalmát; és 1543-ban meglátogatta Bolognát Bussetoba vezető úton, hogy találkozzon a császárral.
