A Kootenay folyó, a Kootenai is, a Kootenai patak, patak Észak-Amerika nyugati részén, a Sziklás-hegységben, Banfftól nyugatra, Alta államban. Dél felé folyik a kanadai Brit Columbia Kootenay Nemzeti Parkján, kitörve a Sziklás-hegységből, hogy általában délre folyjon a Sziklás-hegyi árokban. Dél felé halad az USA-ban, Montana-ban, széles U alakú hurokban, majd észak felé Idaho-ba és vissza Kanadába, majd kibővül a hosszú, keskeny Kootenay-tóba a Brit Columbia-ban; A tó nyugati karjától a Columbgar folyóba áramlik a Castlegar.
A folyó 485 mérföld (780 kilométer) hosszúságának kb. 130 mérföldje az Egyesült Államokban található. A Kootenay 365 láb (111 m) esik a Kootenay-tó és a Columbia folyó közötti 40 mérföldön (40 km). Ebben a szakaszban több gát táplálja a BC alapú Trail-ben található nemesfém-olvasztót és finomítót. A folyó hajózható az ihoiói Bonners Ferrytől a BC Nelsonig.
A brit szőrmekereskedő, David Thompson által 1807-ben felfedezett Kootenay, melyet egyszer neveztek Flat Bow-nak, egy indiai szóból származik, amely azt jelenti: „vízi emberek”.
