A korábban brit kolónia, a Seychelle-szigetek 1976. június 29-én függetlenné vált. A abban az időben felváltott zászlónak kék és piros váltakozó háromszöge volt, fehér átlós kereszttel elválasztva. Talán nem véletlenszerűen, ez a zászló majdnem pontosan megegyezett azzal, amelyet az ausztráliai Egyesült gőzhajózási társaság használt, amelynek hajói a 20. század elején rendszeresen ellátogattak a szigetekre. A zászló nem tartott sokáig: 1977. június 5-én forradalomra került sor a Seychelle-szigeteki Népi Egyesült Párt (SPUP) vezetésével. Az új zászló vörös-túl-zöld vízszintes csíkokkal volt elválasztva, hullámos, fehér szalaggal, amely megegyezett a SPUP zászlóval, kivéve a sárga nap elhagyását a központban.
1993-ban a külföldi hatalom nyomása a kormány demokratizálódásához vezetett. A kormányzó párt elvesztette monopóliumát a választásokon, és más pártok részvétele a kormányban egy kevésbé pártos nemzeti zászló iránti igényhez vezetett. A Parlament jóváhagyta az 1996. június 18-án emelt zászlóban a különböző pártok színeit magában foglaló mintát. A zászló színei kék (ég és tenger), sárga (az életadó nap), piros (az emberek és munkájuk az egységért és a szeretetért), fehér (a társadalmi igazságosság és a harmónia érdekében) és a zöld (a föld és a természetes környezet számára).
