A Guinea és a Zöld-foki-szigetek Függetlenségének Afrikai Pártja (PAIGC) kész támogatást talált ezekben a portugál kolóniákban a politikai forradalom révén a társadalmi és gazdasági haladásról szóló üzenet számára. 1961-ben elfogadta a szomszédos, Guinea és Ghána szomszédos független országaival hasonló zászlót, amelyek akkoriban a Nyugat-afrikai területek jövőbeli szövetségéről beszéltek. Bissau-guineai felszabadító mozgalom pán-afrikai vörös-sárga-zöld zónájához fekete csillagot adott az emelősávon. Ez a csík és csillag földrajzilag megegyezett a nyugati partvidékkel, fővárosával, Bissauval (ahonnan a nemzeti név származik). A zászló fennmaradó részén lévő vízszintes csíkok, valamint sárga és zöld színük nagyjából megfeleltek az északi szavannáknak és a déli erdőknek.
Hivatalosan azt mondták, hogy a fekete csillag a PAIGC vezetésének jelképe, színe az afrikai népre utal, és eltökéltségük szerint méltósággal, szabadsággal és békével élnek. A sárga színét a betakarítás és a munka gyümölcse szimbólumának tekintették, mind a mezõgazdaságban, mind másutt. Green emlékeztetett a hatalmas dzsungelre és a mezőgazdasági földterületre, amelyek megélhetést jelentettek a polgárok túlnyomó többségének. A párt lobogója magában foglalta a PAIGC kezdőbetűket is, amelyek elkerülhetők voltak a függetlenség kihirdetésekor, 1973. szeptember 24-én. Portugália csak az 1974-es saját forradalma után ismerte el Bissau-Guineát vagy zászlóját; mindazonáltal Bissau-Guinea nagy része már a PAIGC és annak lobogója alatt volt ellenőrzése alatt. Zöld-foki Köztársaság végül feladta a PAIGC marxista politikáját és megváltoztatta nemzeti zászlóját, ám Bissau-Guinea megőrizte az eredeti mintát.
