Taxonómiai rendszerek
A taxonómia, az organizmusok osztályozásának tudománya a filogenezisen alapul. A korai taxonómiai rendszereknek nem volt elméleti alapja; az organizmusokat a látszólagos hasonlóság szerint csoportosítottuk. A fajok eredetéről a természetes szelekció révén 1859-ben megjelent Charles Darwin című kiadása óta a taxonómia az evolúciós leszármazott és kapcsolat elfogadott javaslatán alapszik.
A filogenia adatai és következtetései egyértelműen azt mutatják, hogy az életfa az evolúció történelmi folyamatának eredménye, és hogy a csoportokon belüli és a csoportok közötti hasonlóság mértéke megegyezik a közös ősektől való leszármazási viszony fokával. A teljesen kifejlesztett filogenia elengedhetetlen egy olyan taxonómia megtervezéséhez, amely tükrözi az élőlények világának természetes kapcsolatát.
Bizonyítékok bizonyos filogenitásokra
A filogénistákat posztuláló biológusok leghasznosabb bizonyítékaikat a paleontológia, az összehasonlító anatómia, az összehasonlító embriológia és a molekuláris genetika területén nyerik. A gének molekuláris szerkezetének, valamint a növény- és állatvilág földrajzi eloszlásának tanulmányozása szintén hasznos. A fosszilis rekordokat gyakran használják a kemény testrészeket tartalmazó csoportok filogenezisének meghatározására; a molekuláris bizonyítékok alapján felállított filogenitákban a fajok eltérési idejeinek korábbi felhasználására is használják.
A filogenetikai megítéléshez felhasznált adatok többsége összehasonlító anatómiából és embriológiából származik, bár ezeket gyorsan meghaladja a molekuláris adatok felhasználásával készített rendszerek. A különféle fajokra jellemző tulajdonságok összehasonlításakor az anatómikusok megpróbálják megkülönböztetni a homológiákat vagy a közös õnktõl örökölt hasonlóságokat és az analógiákat vagy hasonlóságokat a hasonló szokásokra és életkörülményekre adott válaszként felmerülõ hasonlóságok között.
A 20. század második felében és a 21. század elején végzett biokémiai vizsgálatok értékes adatokat szolgáltattak a filogenetikai vizsgálatokhoz. A fehérjéket és a dezoxiribonukleinsav (DNS) molekulákat alkotó egységek szekvenciájának különbségeinek megszámlálásával a kutatók kidolgoztak egy eszközt annak mérésére, hogy a különféle fajok mennyiben különböznek egymástól azóta, hogy fejlődtek egy közös őstől. Mivel a mitokondriális DNS-nek nagyon magas a mutációja a nukleáris DNS-hez képest, ez hasznos volt a kapcsolatok létrehozásában a közelmúltban eltérő csoportok között. Alapvetően a molekuláris genetika alkalmazása a szisztematikában hasonló a radioizotópok geológiai megfigyelésekben való alkalmazásához: a molekulák különböző sebességgel változnak, néhányuk, például a mitokondriális DNS gyorsan fejlődik, mások, például a riboszómális RNS lassan fejlődik. Fontos feltételezés, ha a molekulákat filogenezis rekonstrukciójára használjuk, a megfelelő gén kiválasztása a vizsgált taxon korához.
