A zászlót a Területi Tanács 1967-ben fogadta el. Az egyenlőtlen függőleges csíkokat „kanadai sápadtságnak” nevezik, mivel azok megegyeznek a kanadai nemzeti zászlóban szereplőkkel. (A heraldikaban a sápadt egy pajzs központi függőleges csíkja, amely általában a terület egyharmadát vagy kevesebbet takar.) A Yukon zászló zöld csíkja a terület erdőire, míg a kék a folyókra és tavakra vonatkozik; fehér a sarkvidéki hó. A központi embléma a hivatalos Jukoni címer, amelyet 1956. február 24-én adtak a területnek királyi végzéssel. Ezt a címert Alan B. Beddoe parancsnok tervezte, míg a zászló Lynn Lambert, a Haines Junction hallgatójának a koncepciója volt.
A címer címerén egy malamut kutya látható, amelyet széles körben használtak az ásványi anyagokban gazdag Jukon területének az európaiak számára történő megnyitásához. A pajzson lévő hullámos függőleges csík a Yukon folyót jelöli, a piros háromszögek hegyekre utalnak, az aranykorongok pedig aranyra és más ásványi anyagokra utalnak. A Szent György kereszt (Anglia), valamint a szőr és a területi virág (a tűzfű) heraldikai szimbóluma készítik el a címerképét.
