Comayagua, város, Honduras nyugati-központi részén, a Humuya folyó jobb partján, termékeny völgyben.
Az 1537-ben alapított, Valladolid de Santa María de Comayagua néven működő város a spanyol gyarmati főváros, Honduras tartomány volt. A Comayaguela névváltozatát Tegucigalpa kormányzati körzetére használják. Károsodást szenvedett a hondurai 19. századi politikai felfordulások során és a Tegucigalpával a nemzeti fővárosi pozícióért folytatott versenyben, de csak 1880-ban került a főváros végül át Tegucigalpára. A várost több földrengés és ismétlődő tüzet okozta károk is.
A gyarmati épületek között van egy figyelemre méltó spanyol barokk katedrális (1715), négy 16. századi templom és egy volt egyetem - az első Közép-Amerikában, amelyet 1632-ben alapítottak. A Comayagua gyógyszereket, cipőket, gyantákat, cementtermékeket és kerámiákat gyárt; ez a nyugati Honduras kereskedelmi központja. A városban található az Országos Mezőgazdasági Központ. A belváros nagy részét, beleértve a székesegyházt és a központi parkot, felújították, hogy helyreállítsák a város gyarmati légkörét és egyedi báját.
Az óceánközi autópálya áthalad a városon. Comayaguának is van egy repülőtere, amelyet az 1980-as évek elején katonai légi bázissá alakítottak át. Comayagua közvetlen közelében található Palmerola, az Egyesült Államok fő katonai bázisa Hondurasban, amelyet megosztanak a hondurai légierővel. Pop. 55,368 (2001); (2013) 92,883.
