Katolikus összeesküvések és a spanyol armada
Ezek a titkos erőfeszítések közvetlenül két komolyabb cselekmény kitettségéhez vezetnének, hogy elpusztítsák Elizabeth-t és helyreállítsák a katolicizmust Angliában. A kém a londoni francia nagykövetségen, akit valószínűleg Giordano Bruno-ként azonosítottak (Henry Fagot álnéven írták), egy érvénytelen domonciusi testvér, aki később az olasz reneszánsz szabadon gondolkodó filozófusaként vált ismertté - figyelmeztette Walsinghamet titkos levelezésbe Mary, akit a nagykövetségen vezettek át. A telek összetörték a köztársasági főkapitányság, Francis Throckmorton 1583 novemberi letartóztatásával. A birtokában büntetőjogi okmányok voltak, ideértve az inváziós kikötők térképét és az angol katolikus támogatók listáját. Kínzás alatt Throckmorton felfedte a spanyol és a francia csapatok által Angliába való invázió tervét, összhangban Mary követõinek felkelésével. A spanyol nagykövet kiutasították, és a diplomáciai kapcsolatok Spanyolországgal megszakultak.
A második összeesküvés, a Babington Plot (amelyet Anthony Babington összeesküvésnek neveztek el) 1586 augusztusában került feltárásra Walsingham kettős ügynökei és kódszakértõi segítségével, akik, a Mary ügynökeinek ismeretében, valójában kódolt levelekkel látják el Mary-vel való kommunikáció eszközeit. csempésztek be egy sör hordóban. A levelek bizonyították Mary részvételét az Erzsébet megsemmisítésére tett kísérletben, ami Mary tárgyalásához, ítélethez és kivégzéshez vezetett.
Walsingham hírszerző munkája szintén fontos szerepet fog játszani a Spanyolországgal folytatott háborúban. Segített elfedni Sir Francis Drake 1587 áprilisában a Cádiz kikötőjében meglepő támadás előkészítését, Drake terveiről szándékosan hamis jelentés eljuttatásával Párizsban az angol nagykövetnek, akinek Walsingham helyesen feltételezte, hogy a spanyol fizet. Walsingham számos kéme részletes jelentést adott a spanyol előkészületekről az Armada Anglia elleni vitorlázására 1588 júliusában.
Walsingham kétszer feleségül ment (mindkettő özvegy nőket): 1562-ben Anne Barnes Carleill-hez (néha Carlyle-nek nevezték), halála után 1566-ban az Ursula St. Barbe Worseley-nek. Lánya, Frances (1567–1632), egymást követő házasságban ment. Erzsébet belső körének legszembetűnőbb alakjai: a költő és udvarias Sir Philip Sidney (1583), valamint Robert Devereux, Essex 2. grófja (1590), Erzsébet kedvence, akit 1601-ben egy abortív puccskísérlet után árulásra kivégeztek. (Harmadik férje Richard Burke volt, a Clanricarde negyedik grófja.) Walsinghamnek számos jövedelmező kedvezményt és birtokot kapott a koronáról, ideértve a Barn Elms kastélyát, a Richmond-palota közelében. De nyilvánvalóan jelentős adósságban halt meg, részben azért, mert átvette Sidney birtokának tartozásait.
