Markos Eugenikos (született 1392 körül. Konstantinápoly - elhunyt: 1445. június 23., Konstantinápoly), Efézus görög ortodox metropolita (a modern Selçuk közelében, Törökország) és teológus, aki az unióellenes pártot vezette a keleti ortodox egyházban az Firenze, Olaszország (1439).
A Rómával ellentétes oktatók által végzett klasszikus és teológiai oktatás után a 26 éves Eugenikos az ingatlanát a szegényeknek adta és szerzetessé vált a görög Antigone szigeten. A muszlim zaklatás miatt 1422-ben kénytelen volt visszatérni Konstantinápolyba, és Mangani városi kolostorában maradt, ahol hírnevet szerzett a tanulás és a szentség miatt. VIII. János Palaeologus bizánci császár (1425–48), a Firenze Tanácsának gondozásakor az Eugenikos Efeszes c. Nagyvárosa lett. 1436-ban képviselték Antiochia és Alexandria pátriárkáit a tanácsban. Firenzében a görög ortodoxoknak címzett címek nagy részét átadta, és egyre határozottabbnak bizonyult a nyugati tanítás, különösen a Szentlélek iránti tanácsa visszautasításában. Azt követelte, hogy a latinok távolítsák el a Filioque („és a Fiúból”) mondatot a Nicene Creed-ből, és azzal vádolta őket, hogy a szentírás és a patrisztikus szövegek hamisításával hajtják végre dogmájukat.
A Tanács végleges újraegyesítési okmányának aláírását megtagadva, Eugenikos visszatért Konstantinápolyba, hogy szakszervezeti ellenzéket szervezzen. Két évig börtönbe került, miután hiába próbált menedéket keresni a hegyi kolostorban. Athos. Megbocsátva folytatta nyugat-ellenes kampányát, és átadta ezt a felelősséget halálos ágyában Georgios Scholariosnak, a II. Gennadius pátriárkának.
Az Eugenikos írásai között szerepel a vallomás (krétai összefoglaló), az egyházi apák értelmezése, a háromságról szóló latin doktrína kritikája, és a Nyugat-egyház kovásztalan kenyérnek az áldozati szolgálatban való felhasználásának cáfolása. Különösen vitatta a tisztítószerek nyugati tanítását. Eugenikos liturgikus témákról szóló traktátákat is készített, amelyekben megbukott a nyugati szertartással, és asketikus témákról szóló több traktumot írt. A görög ortodox egyház 1734-ben hivatalosan szentnek nyilvánította.
