Japán ortodox egyház, a keleti ortodox egyház autonóm testülete, kanonikus kapcsolatban a moszkvai pátriárkával, amely megerősíti Tokió nagyvárosa megválasztását. A japán ortodox egyházat kiemelkedő misszionárius, Nikolay Kasatkin (1836–1912) erőfeszítéseivel hozták létre, aki Japán első ortodox érsekévé vált, és 1970-ben szentelték fel szentté.
A misszió kezdete (1872) óta az egyház soha nem volt függő a külföldi misszionárius személyzetétől. A japán papokat a Tokióban tartott szemináriumon képzik, és a papság és a laikusok gyűlése teljes ellenőrzés alatt tartja az egyház ügyeit. A japán ortodoxia e bennszülött karakterének köszönhetően számos politikai próbát és elszigeteltség időszakát túlélte, mint például az orosz-japán háború és a két világháború. 1945 és 1970 között a templom az amerikai orosz nagyvárosi egyházi joghatóság alá tartozik. 1970-ben állandó önálló statútumot kapott Moszkvai pátriárkától, anyanyelvétől. Tokió ortodox székesegyház - az úgynevezett Nikolay székesegyház, alapítójának, Nikolay Kasatkinnak - a japán főváros egyik legnagyobb vallási épülete. A kb. 30.000 tagú egyház egyházmegyei vannak Tokióban, Kyōtoban és Sendaiban.
