Közép-Amerika függetlenségét először 1821. szeptember 15-én hirdették ki, de ezt követően Mexikó két évre elbocsátotta a területet. Az újonnan független Közép-Amerika Egyesült tartományok zászlóját 1823. augusztus 21-én fogadták el, és kék-fehér-kék csíkokból álltak, középen a nemzeti címerrel. Ezek a fegyverek alapvetően ugyanazokat a tervezési elemeket tartalmazták, mint amelyeket Nicaragua ma használ. Még azután is, hogy a szövetség öt tagállama független országgá vált, Nicaragua továbbra is felemelte a régi zászlót. Végül, 1854-ben egy új, vízszintes nicaraguai háromszínű sárga-fehér-skarlátválasztást választottak, ám hosszú ideig nem repült. A polgárháború és az észak-amerikai filibuszterek (katonai kalandorok) beavatkozása később számos zászló bevezetését és gyors cseréjét eredményezte.
1908-ban a régi szövetségi zászlót újra elfogadták Nicaragua nemzeti zászlójának, a címer megfelelő módosításával. Ezt az alaprajzot, a címer további megváltoztatásával, az 1971. augusztus 27-i törvény megerősítette, bár a Sandinista mozgalom vörös-fekete vízszintes kétszínű színvonala valójában másodlagos nemzeti zászló volt a Sandinista uralom idején (1979). -90 ° C). A zászló címerének háromszöge van az egyenlőségért, a szabadság sapkája a szabadságért és öt vulkán két óceán között, amelyek az Atlanti-óceán és a Csendes-óceán medencék közötti öt eredeti közép-amerikai ország jelképe.