Az Alexandria kopt ortodox egyház, más néven kopt ortodox egyház, keleti ortodox egyház és fő keresztény templom túlnyomórészt muzulmán Egyiptomban. Egyiptom népe az arab hódítás előtt a 7. században görög nyelvét Aigyptios-ként (arab qibṭ, nyugati néven koptusnak) azonosította. Amikor az egyiptomi muszlimok később már nem nevezték magukat Aigyptioinak, a kifejezés a keresztény kisebbség megkülönböztető nevévé vált. A 19. és 20. században kopt ortodoxnak hívták magukat, hogy megkülönböztessék magukat a római katolicizmusba áttérõ koptáktól (lásd még a kopt katolikus egyházat) és a keleti ortodoxoktól, akik többnyire görögök (lásd még a görög ortodox patriarchátusot). Alexandria).
A 4. és 5. században teológiai konfliktus merült fel a koptok és az egyiptomi görögül beszélő rómaiak, vagy a melkiták között. Chalcedon tanácsa (451) elutasította a monofízisz tanítását - azt a hitet, hogy Jézus Krisztusnak csak isteni, nem emberi természete van -, és megerősítette isteniségét és emberiségét. A melkitok felismerték Chalcedon eredményét. A kopt egyház azonban azon keleti egyházak egyikévé vált, amelyek elutasították a Chalcedonban egyeztetett Krisztus két természetével kapcsolatos krisztológiai nyelvet. Míg a római katolikus és a keleti ortodox egyházak monofízisz eretnekeknek nyilvánították ezeket a keleti egyházakat, addig a kopt egyház és más pre-kalcedóniai (vagy a 20. század óta) keleti ortodox egyházak teológiai álláspontot képviseltek a miaphysitism néven. Elismerve az Alexandriai Szent Cyril (kb. 375–444) kijelentését, amely kijelenti, hogy Isten „a beszéd inkarnált természete”, a miaphysiták kijelentették, hogy mind Krisztus emberisége, mind istenisége ugyanolyan jelen van az inkarnáción keresztül, egyetlen természetben (tehát a Görög előtag mia, „ugyanaz”), mint ahogy az Ige testtel tette. Ahelyett, hogy tagadta volna Krisztus emberiségét, amellyel vádolták őket, a kopt és más miaphysite egyházak ugyanakkor egyenlő jelenlétét mutatják az emberiségével és az istenségével Krisztus személyében.
A 7. században Egyiptom arab hódítása után a koptok beszélték a görögül beszélgetést, és a nyelvi akadály tovább fokozta a vitát. A bizánci császárok különféle kompromisszumkísérleteket semmisítettek meg. Később az arab kalifák, bár hajlamosak azoknak lenni, akik az iszlámot elfogadták, nem sokat beavatkoztak az egyház belső ügyeibe. A jizya-t, az iszlám államban élő nem muzulmánok számára kivetett adót a 18. században eltörölték.
Az arab nyelvet a kopt ortodox egyház szolgálataiban használják a Bibliából és a változó himnuszokból; csak bizonyos rövid időtartamok, amelyeket a templomi emberek megértenek, nem arabul vannak. A szolgálati könyvek a Szent Márk, az Alexandriai Szent Cyril és a Nazianzus Szent Gergely kiosztott liturgiáinak felhasználásával kopt nyelven készültek (Alexandria bhaír nyelvjárása), az arab szöveggel párhuzamos oszlopokban.
A kopt ortodox egyház az 1890-es évek után demokratikus kormányzási rendszert fejlesztett ki. A pátriárka és a 12 egyházmegye püspök a közösségi tanácsok segítségével, amelyekben a laikusok jól képviseltetik magukat, szabályozzák az egyházak és iskolák pénzügyeit, valamint a házasságra, az öröklésre és a személyes helyzet egyéb kérdéseire vonatkozó szabályok igazgatását. Ha a pátriárka meghal, egy választási kollégium, elsősorban laikusokból, három, legalább 50 éves életkorú, megfelelően képzett szerzetet választ ki a pátriárka tisztségére. E három közül a végső választást sorsolják az ima után.
A legmagasabb rangú püspök Alexandriai pátriárka, Kairóban lakik; őt pápának hívják, és apostoli hatalmat igényel hivatalához Szent Márk részéről. Az egyháznak számos alap- és középiskolája van Egyiptom számos helyén, valamint egy erős vasárnapi iskola mozgalma azoknak a gyermekeknek a vallásos oktatására, akik nem tudnak kopt iskolába járni. Kairóban található a Kopttani Tanulmányok Intézete, az intézethez kapcsolódó teológiai főiskola és a Koptus Múzeum; a kopt ortodox egyház tanítása még a keresztyén gyermekek vallási oktatásában használt kormányzati iskolákban használt tanterv alapjává vált.
Jeruzsálemben és a Szentföld más területein, a 19. és a 20. században épült kopt ortodox egyházak vannak, valamint egy kopt püspökség a szudáni Kartúmban. A templom kis jelenléttel rendelkezik Észak-Amerikában, Ausztráliában és az Egyesült Királyságban. Az etióp, az örmény és a szír ortodox egyház mind a keleti ortodox egyház a kopti ortodox egyházzal kapcsolatban. A keleti ortodox egyházak évszázadok óta eretneknek tekintik a római katolikus és a keleti ortodox egyházak. A 20. század vége óta azonban a kopt ortodox egyház, akárcsak a többi keleti ortodox egyház, párbeszédet kezdett mindkettővel, sok teológiai vitát megoldva és az elismerést gyűjtve, mivel doktrinálisan az ortodox kereszténység főáramába tartozik.
